No futebol feminino, o Galícia sagrou-se Campeão do Nordeste no ano 2000, com um time que revelou algumas boas jogadoras, entre elas Elaine Estrela Moura e Viola, que chegaram à Seleção Brasileira da categoria. Também participou do Campeonato Brasileiro de Futebol Feminino em 1999 e 2001, conseguindo o 13º e o 15º lugar, respectivamente.
Pouco depois, o time feminino do Galícia foi desativado, retornando somente em 2008, ano em que o clube voltou a participar do Campeonato Baiano da categoria, terminando em quarto lugar. A mesma colocação foi alcançada em 2009. Em 2010, o Galícia ficou com a terceira posição, não participando, porém, da competição em 2011.
Em 2012, o clube iniciou uma parceria com o Centro de Formação de Futebol da Bahia (CFFB) e retornou mais uma vez ao Campeonato Baiano, terminando em terceiro lugar.